根据最新公布的数据，福建高校排名第一的是厦门大学，第二的是福州大学，第三是福建师范大学，具体排名如下：
| 名次 | 学校名称 | 办学层次 |
| 1 | 厦门大学 | 世界知名高水平大学 |
| 2 | 福州大学 | 中国高水平大学 |
| 3 | 福建师范大学 | 中国高水平大学 |
| 4 | 福建农林大学 | 中国高水平大学 |
| 5 | 华侨大学 | 区域一流大学 |
| 6 | 集美大学 | 区域高水平大学 |
| 7 | 福建医科大学 | 区域一流大学 |
| 8 | 福建中医药大学 | 区域一流大学 |
| 9 | 福建工程学院 | 区域高水平大学 |
| 10 | 厦门理工学院 | 区域高水平大学 |
| 11 | 闽南师范大学 | 区域高水平大学 |
| 12 | 闽江学院 | 区域知名大学 |
| 13 | 泉州师范学院 | 区域知名大学 |
| 14 | 莆田学院 | 区域知名大学 |
| 15 | 武夷学院 | 区域知名大学 |
| 16 | 福建江夏学院 | 区域知名大学 |
| 17 | 三明学院 | 区域知名大学 |
| 17 | 龙岩学院 | 区域知名大学 |
| 19 | 宁德师范学院 | 区域知名大学 |
| 20 | 福建商学院 | 区域知名大学 |
| 21 | 厦门医学院 | 区域知名大学 |
| 22 | 福建警察学院 | 区域一流大学 |
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